Visited prefectures (i.e., seen the sights and/or stayed in) [15 + 3]:
千葉 (Chiba), 東京 (Toukyou), 神奈川 (Kanagawa), 長野 (Nagano), 新潟 (Niigata), 秋田 (Akita), 宮城 (Miyagi), 茨城 (Ibaraki), 山梨 (Yamanashi), 静岡 (Shizuoka), 北海道 (Hokkaidou), 大阪 (Osaka), 福井 (Fukui), 兵庫 (Hyougo), 広島 (Hiroshima) [Later this trip: 香川 (Kagawa), 岡山 (Okayama), 京都 (Kyouto) -- last two are already "flyovers"]

Tagged (i.e., changed trains, etc) [2]:
群馬 (Gumma), 青森 (Aomori)

Flyover (i.e., ridden the train through) [6 + 2]:
埼玉 (Saitama), 山形 (Yamagata), 岩手 (Iwate), 福島 (Fukushima), 栃木 (Tochigi), 滋賀 (Shiga), [Later: 岐阜 (Gifu), 愛知 (Aichi)]

Never visited [19]:
富山 (Toyama), 石川 (Ishikawa), 三重 (Mie), 奈良 (Nara), 和歌山 (Wakayama), 徳島 (Tokushima), 高知 (Kouchi), 愛媛 (Ehime), 鳥取 (Tottori), 島根 (Shimane), 山口 (Yamaguchi), 福岡 (Fukuoka), 佐賀 (Saga), 長崎 (Nagasaki), 熊本 (Kumamoto), 宮崎 (Miyazaki), 鹿児島 (Kagoshima), 大分 (Oita), 沖縄 (Okinawa)

I think that's all of them. It's just possible I might hop on a train a visit some of these, though, I've really got about a day too much time down here for the places I was planning to see.